Carlos Secrétario et Fabio Capello se sont connus au Real Madrid, lorsque l'Italien était entraîneur des Merengues en 1996/97. On sait désomais qu'ils ne passeront pas leurs vacances ensemble depuis que, par médias interposés, les accusations pleuvent entre les deux hommes comme le rapporte le journal italien Goal. 

Transféré du FC Porto au Real Madrid à l'été 1997 pour 10 millions de francs (1,5 M€), Carlos Secretario y a donc évolué sous les ordres de Fabio Capello. Le Real est en difficulté en début de  saison, et Carlos ne satisfait pas son coach : "Quand il entrait sur le terrain avec le maillot du Real Madrid, désolé, mais il se chiait littéralement dessus. Il n'arrivait pas à jouer . À l'entraînement et avec le Portugal, ça allait, mais avec nous, un vrai désastre". Capello va même jusqu'à affubler Secretario du surnom de "Cagasotto", littéralement "tapette". 

Insulté, Coach Secretario a répondu à son ancien manager :

"C'est une accusation stupide et inutile, c'est peut-être l'âge... Je ne veux pas manquer de respect à Capello, mais je dois me défendre : il me faisait jouer, mais il ne me parlait jamais. Il ne m'a jamais dit si j'étais bon ou mauvais, ou s'il y avait quelque chose que je devais améliorer. Je respecte Capello, c'est un grand entraîneur avec une carrière splendide, mais humainement, c'était quelqu'un de mauvais". 

Fabio Capello s'est forgé une réputation d'entraîneur intransigeant, strict et froid, et c'est peut-être pour cela qu'aujourd'hui Coach Secretario est aussi proche de ses joueurs, lui qu'on dit dialoguer énormément avec eux. 

Malgré les "mauvaises" performances de Secretario, qui a porté à 13 reprises la tunique blanche, le Real a terminé la saison champion de Liga cette année-là. Carlos est retourné l'année suivante à Porto, avec qui il a remporté la Ligue des Champions en 2004, face à l'AS Monaco de l'ancien Bélier Jaroslav Plasil